簡単にまとめておきます。
PEZY-SCからPEZY-SC2へのコード変更は、カーネルの方のMakefile (サンプルであればkernel.sc1)の
PZC_TARGET_ARCH=sc1-64
を
PZC_TARGET_ARCH=sc2
に書き換えてください。
上記に加えて、カーネルをキックするときの以下の関数で起動スレッド数を指定するのですが
clEnqueueNDRangeKernel(m_queue, knl, 1, NULL, &gws, NULL, 0, NULL, NULL);
wsがPEZY-SCのときは8192が最大。C2のときは15872（124city)が最大として、128の倍数で指定してください。